齐云在阳城的工作中，担任晋豫边抗日军政干部学校辅导员和阳城县第一民族革命小学教师时间最长。晋豫边抗日军政干部学校由中共阳城县工委（县委）、阳城县政府领导，阳城县长李敏之兼任校长。学校招收的学员主要为牺盟会村政干部，同时吸纳部分思想进步、积极抗日的青年、小学教员以及从豫北流亡到阳城投奔抗日队伍的青年知识分子。学校以3个月为一期，参照军事管理的办法组织学员学习训练，并根据学员情况编为若干分队。学习的主要内容包括：国际国内政治形势、中国共产党《抗日救国十大纲领》、党的抗日民族统一战线方针政策、抗日游击战争的战略战术、武装斗争的策略方针以及其他军事战术。另外，学校在进行政治、军事学习训练的同时，还组织学员到农村、城镇开展抗日宣传和发动群众工作。
当时学校条件十分艰苦，既无校舍，又无课本，更没有经济来源，石头为桌，草帽为垫，大树底下和大庙戏台就是课堂教室。在这样艰苦的条件下，出身于大家闺秀的齐云却把学校的宣传工作搞得风风火火。她给学员讲革命军队艰苦奋斗的作风，教学生唱革命歌曲，增加了学员的凝聚力，激发了学员的抗战热情。齐云在学校组织成立各种活动小组，丰富学员的生活，提高学员的政治素养。她和学员在一起，吃的是陈年小米和野菜，住的是简陋的土窑洞。在齐云的影响下，学员们始终保持着旺盛的革命激情。学员们经过短期的培训，队列整齐，精神抖擞，歌声嘹亮，得到了朱德、彭德怀等首长的多次表扬。
晋豫边军政干校共举办了3期。第一期从1938年3月至5月，校址设在吉德村。第二期从1938年6月至9月，校址设在阳城的县城司上巷。期间因日军的侵扰，学校曾迁至蟒河镇金台寺大庙。第三期从1938年10月至12月，校址设在阳城县司上巷旧中学。军政干校用不到一年的时间，先后培养了500余名抗日骨干，一批批的毕业学员被输送到抗战第一线。这些学员毕业后，有的到部队当了中队长、排长，有的当了指导员，也有的当了民运工作队员，为巩固晋豫边抗日根据地做出了贡献。
曾在晋豫边抗日军政干校学习的卫祖青老人回忆道：齐老师当时只有20岁，高高的个子，慈善的眼神，身材匀称结实，面容和蔼可亲。齐老师几乎每天都在教我们唱歌，《五月的鲜花》、《松花江上》、《义勇军进行曲》、《国际歌》等抗日救亡歌曲常常在学校响起。在我们干校，每期学员大概有七八十人，为给部队和机关培养和输送优秀人才，干校还在学员中挑选一批先进分子组成“少年抗日先锋队”，这个组织就是由齐老师负责领导和组织活动的。她经常带我们去附近搞宣传、贴标语，宣传抗日救亡运动。当时，干校的生活条件十分艰苦，老师、学员们吃的都是粗茶淡饭，师生们毫无高低贵贱之分，皆为同志关系，情同手足、互敬互爱，个个精神饱满、紧张活泼。齐老师更是平易近人、令人尊敬。我们的粮食仓库在距干校几里路的西峪村和南坡村，学员有挑粮任务，齐老师每次都和我们学员一样肩扛担挑，从不以老师自居。同学们也把她当成知心朋友，不懂就问，无话不谈，师生关系十分融洽。在齐老师的教导下，学员们的政治觉悟大为提高，思想进步很快。每期学员结业后，干校就将一些优秀的学员介绍到县里的妇女救国会、青年救国会等救亡团体去工作、锻炼。在我们的学员中，有三分之一的人都在工作中加入了党组织，成为领导人民抗日救亡、翻身革命的中坚力量。
曾在晋豫边抗日军政干校学习的秦友三老人在回忆文章中这样写道：政治辅导员齐云非常活泼，和我们同甘共苦。她经常教我们唱革命歌曲，用歌声唤起人们的斗志。在唱《松花江上》“我的家在东北松花江上，那里有森林煤矿，还有那满山遍野的大豆高粱……”时，她的眼泪夺眶而出，学员们在她声泪俱下的极度悲痛中，受到了感染，激发起保家卫国的抗日热情；在唱《大刀进行曲》“大刀向鬼子们的头上砍去，全国爱国的同胞们，抗战的一天来到了……”时，她的声音铿锵有力，学员们怀着对日本帝国主义的满腔仇恨，个个摩拳擦掌，恨不能马上走上战场。
曾在阳城民族革命小学读书的韩国臣老人回忆道：齐云老师是我的政治老师，大家都叫齐云为齐同志。齐老师性格活泼，平易近人，举止优雅，没有架子。她和蔼可亲，对我们这些小学生关爱有加。平时和我们在一起时有说有笑，有唱有跳，处处充满了青春的活力，我们都十分喜欢和她相处。齐老师知识渊博，特别是在音乐方面是个奇才，再生疏的歌曲，她拿着歌谱就能唱。在我们眼里，就没有她不会唱的歌。在那个外强侵略、国难当头的年代，我们政治课的主要内容就是宣传抗日救亡。齐老师向我们揭露日军侵华的暴行、大东亚共荣的阴谋；给我们讲八路军抗日的故事，中国将亡国灭种的政治形势。还教我们以唱抗日歌曲、戏曲表演等形式去宣传抗日，发动群众。唱歌成了学生当时最重要的宣传武器。她常常教育我们要从小树立独立自强的精神，宣传抗日救国的思想，誓死不做亡国奴。为了更好地宣传发动群众，激发群众的抗日信心和决心，根据形势需要，齐老师在我们学校组织了宣传队，一边上课一边宣传演出。在齐老师的带领下，我们宣传队的同学们勤学苦练，自编自唱自演革命歌曲、戏曲和地方秧歌，多次在县城二郎庙舞台演出，还经常深入本县次营、固隆、町店等乡村宣传群众，深得老百姓的喜爱和赞赏。我记得时任阳城抗日民主政府县长陈发贵编写了阳城秧歌剧《小能干定计杀倭奴》，齐云组织我们进行排练。我主动报名，扮演一个老太婆。排练好后，乘着正月十五或庙会期间，齐老师带我们去巡回演出，每场演出都有成百上千的群众观看。后来，我们的宣传队发展成为阳城唯一的宣传大队，在当时影响很大，齐老师功不可没。
武汉失守后，随着大后方投降妥协思想的大肆泛滥，国民党地方实力派阎锡山在山西掀起了反共高潮。1939年1月，国民党在五届五中全会上确定“溶共、防共、限共、反共”的方针，从此，国民党反共顽固派由过去对共产党偷偷摸摸的政治进攻，变为明目张胆的制造磨擦，公然向根据地的抗日武装、抗日民主政权和抗日群众团体发动军事进攻。阳城地方顽固势力依仗蒋、阎的大力支持，不断寻衅闹事，不断进行反共磨擦，矛头直指共产党领导的牺盟会及进步抗日组织。
1939年1月21日，国民党驻阳城九十三军一部顽军以军事演习为名，纠集军队地方工作队和土豪劣绅、流氓无赖等乌合之众，导演了一场反共闹剧。这天上午，三青团分子上官凌云等反共顽固分子组成 “示威队伍”，手执棍棒凶器，举着反共标语，高呼反共口号，由城西蜂拥入城，气势汹汹地朝城东牺盟会驻地而来，沿街“游行示威”，企图乘大批群众进城缴纳田赋（地丁粮银）之机，造谣惑众，大造打倒牺盟会的舆论。与此同时，顽军一面派出荷枪实弹的岗哨，在街头巷口护卫游行小丑，一面兵陈县城周围山头，在统一号令下武装入城，举行所谓的“军事演习”，以此威胁群众。上官凌云组织的“游行示威”党徒，直闯县牺盟会驻地奎星阁院内，将县牺盟会、《奋斗报》社以及抗日团体的门牌和所有办公、生活用具抄砸洗劫一空，并将抄出的文件、书刊连同牺盟会成员的衣物撕成碎片，付之一炬。顽军“演习”入城后，直捣县人民武装自卫队驻地文庙内，以武装手段强行夺取自卫队的领导权。
事件发生之前，中共阳城县委、县牺盟会事先得到了四区分委、区牺盟会的报告和唐支队的情况通报，县委书记胡晓琴立即通知县委其他领导魏健、赵明以及县牺盟会干部魏永生等人及时转移到唐支队司令部，并向中共晋豫地委进行汇报。中共晋豫地委同唐支队司令部紧急磋商，并在这天凌晨将支队第一、第三大队开上城周山头，牵制顽军，使顽军未敢轻易动用武力。
事件发生后，中共阳城县委、县牺盟会在中共晋豫地委书记聂真的直接指示下，进行了严正的抗议并采取了相应的对策。鉴于当时严峻的斗争形势，中共晋豫地委通过组织，对已经暴露身份的共产党员进行立即转移。齐云等几位干部被党组织安排撤离到长治，同时撤走的还有赵树理、王良等数人。
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