主馆高26米，与南京中山陵、雨花台烈士纪念馆为同一高度。主馆呈四方形，内八角，四方八面体寓意着周恩来的精神普照中华民族。四根花岗岩石柱寓含着周恩来生前曾先后于1954年、1962年、1964年和1975年四次提出要在我国实现“四个现代化”的宏伟设想。四根花岗岩石柱支撑着四坡屋顶，使人联想起古老江淮平原上提水灌田的牛车棚，寓含着周恩来的一生是为人民服务的一生。
四根柱子支撑四坡屋顶的造型还像苏北里下河地区的待渡亭。据馆内工作人员介绍，周恩来1910年离家赴东北时曾在运河边的待渡亭候船，然后登舟北上。以待渡亭的形状作为他的纪念馆，寓意周恩来从淮安待渡亭走出，最终又回到了故乡。
